該系統的主要影響因素是因在蛋白上引入標記物可導致蛋白生物活性改變，因為標記的結果，本質上是制造了一個由目的蛋白和標記物氨基酸序列融合而成新的蛋白。因此，使用該技術時，應該認識到是研究新的蛋白特性，而不是研究蛋白的原來特性。但實踐經驗表明這并不成為很大的問題，通過標記蛋白獲得的信息可以采用針對原始未標記蛋白的抗體證實。

第二方面的主要影響因素是在進行表位標記時，許多目前使用的標記物是由已知的蛋白（如myc基因產品）片段組成。這意味著抗標記物抗體不僅識別被研究的標記蛋白，同時還可能識別其他細胞蛋白，研究發現目前使用的針對許多表達載體標記物的抗體具有交叉反應性。為此應用的抗標記物抗體研究標記蛋白時，均應快速檢測其交叉反應性。

此外，一些標記物系統受保護，并僅通過商業途徑向外供應。這可能會給實驗室的使用帶來經濟上的負擔。

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